ينظم مجلس المحاسبة في شكل غرف ذات اختصاص وطني (8 غرف) وغرف ذات اختصاص إقليمي (9 غرف)، وغرفة الانضباط في مجال تسيير الميزانية والمالية.
تقسم تشكيلات الرقابة إلى فروع ثانوية بحيث لا يتجاوز عددها أربعة (04). تنظم غرفة الانضباط في مجال تسيير الميزانية والمالية في تشكيلة للتحقيق وتشكيلة للحكم.
يدير المجلس رئيس يتم تعيينه من قبل رئيس الجمهورية، ويساعده في ذلك نائب رئيس.
يتولى دور النيابة العامة في مجلس المحاسبة، الناظر العام بمساعدة نظار.
يشمل المجلس أيضا كتابة ضبط رئيسية تسند لكاتب ضبط رئيسي يساعده كتاب ضبط، على مستوى الغرف الوطنية والغرف الإقليمية على حد سواء.
يتولى مهمة الدعم التقني والإداري لهياكل الرقابة في مجلس المحاسبة أقسام تقنية (مديرية الدراسات ومعالجة المعلومات ومديرية تقنيات التحليل والرقابة)، ومديرية الإدارة والوسائل، بينما يكلف الأمين العام الذي يضم إليه مكتب التنظيم العام ومكتب الترجمة بالتسيير المالي لمجلس المحاسبة وفقا للمادة 26 من القانون 90-21 المؤرخ في 15 غشت 1990 المتعلق بالمحاسبة العمومية، وهو الآمر بالصرف الرئيسي ويمكنه تفويض توقيعه لمسؤولي المصالح الإدارية للمجلس ضمن الشروط المحددة في التشريع والتنظيم المعمول بهما. ويتولى الأمين العام بصفته الآمر بالصرف الرئيسي تنشيط الهياكل التقنية والإدارية ومتابعتها والتنسيق بينها، تحت سلطة رئيس مجلس المحاسبة.