La Cour des comptes dispose de l’autonomie de gestion, elle est soumise aux règles de la comptabilité publique. Elle est dirigée par un président assisté d’un vice-président. Le rôle de ministère public au sein de la Cour des comptes est assuré par un Censeur général assisté de censeurs. La Cour des comptes est organisée en chambres à compétence nationale (au nombre de huit) et en chambres à compétence territoriale (au nombre neuf) et une chambre de discipline budgétaire et financière. 

Les chambres nationales et territoriales sont subdivisées en sections. La Cour des comptes dispose d’un greffe confié à un greffier principal assisté de greffiers.

La Cour des comptes comprend également des départements techniques et des services administratifs dont l’animation, le suivi, la coordination des activités sont assurés, sous l’autorité du Président de la Cour, par le Secrétaire général. Les départements techniques (département des techniques d’analyse et de contrôle et département des études et du traitement de l’information) sont chargés d’assurer le soutien nécessaire à l’accomplissement des missions de la Cour des comptes et à l’amélioration de ses performances. 

La direction de l’administration et des moyens est chargée de la gestion des finances, des personnels et des moyens matériels de la Cour des comptes.

Le corps des magistrats de la Cour des comptes comporte une hors-hiérarchie et deux grades subdivisés en groupes. Les magistrats de la Cour des comptes sont assistés dans leurs travaux par des vérificateurs financiers.